INNOVATE was a comprehensive, collaborative, and binational research project. It ran from January 2012 through December 2016. Brazil and Brazil’s Northeast in particular suffered from a severe drought period from 2012 onwards. Management and governance of natural resources faced serious challenges related to access to water. Important long-term drivers that call for recurrent adaptation of actions are land use change, population growth, climate change, and conflicts from the multiple uses of water. The scientific project addressed this complex situation through research aimed at suggesting practices and pathways towards ecologically and socioeconomically sound management of land, water and biodiversity. The INNOVATE project had one focus on the entire watershed of the São Francisco River and another one on a portion of the watershed – the Itaparica Reservoir and the semi-arid area north of the artificial lake. Researchers with different backgrounds worked within their disciplines, in groups (interdisciplinary) and together with stakeholders (transdisciplinary). The Guidance Manual is a compilation of actor-relevant content extracted from the scientific research results. Most recommendations put forward can be adapted as principles and standards for reservoir and semi-arid regions elsewhere in the world. INNOVATE war ein umfassendes, bi-nationales Verbundforschungsprojekt zwischen Brasilien und Deutschland, mit einer Kernlaufzeit von Januar 2012 bis Dezember 2016. Im Jahr 2012 begann eine besonders schwere Dürreperiode, welche nicht nur den sowieso trockenen Nordosten Brasiliens traf, sondern auch weitere Teile des Landes. Die stark eingeschränkte Wasserverfügbarkeit wurde zum zentralen Thema von Management und Governance der natürlichen Ressourcen. Wichtige langfristige Treiber, welche eine kontinuierliche Anpassung des Handelns notwendig machen, sind Landnutzungsänderungen, Bevölkerungswachstum, Klimawandel und Konflikte um die verschiedenen Wassernutzungsansprüche. Im Projekt wurden Praktiken und Ansätze zur ökologisch und sozialökonomisch verträglichen Bewirtschaftung von Wasser, Land und Biodiversität entwickelt. Das Studiengebiet des INNOVATE-Projekts umfasste dabei das gesamte Wassereinzugsgebiet des São Francisco Flusses, wobei Feldforschung im semi-ariden Umland nördlich des Itaparica Stausees stattfand. Forscher und Forscherinnen aus verschiedenen Disziplinen arbeiteten disziplinär, in Gruppen (interdisziplinär) sowie gemeinsam mit Stakeholdern (transdisziplinär). Das vorliegende Handbuch ist eine Zusammenstellung von Stakeholder-relevanten Empfehlungen, welche aus den Ergebnissen der wissenschaftlichen Forschung abgeleitet wurden. Die meisten hier vorgestellten Handlungsempfehlungen können weltweit an vergleichbare Stausee- und semi-aride Regionen angepasst werden.