En el estudio de los procesos de innovación desde la perspectiva de la Teoría de los Sistemas, se busca identificar las relaciones y los tipos de agentes que intervienen en ese fenómeno. Al respecto, se han desarrollado diferentes variantes: Sistema Nacional de Innovación (SNI), Sistema Regional de Innovación (SRI) y el Sistema Sectorial de Innovación (SSI). El concepto que definió al SNI como "el conjunto de instituciones que interactúan para desarrollar, difundir, transferir y aplicar conocimientos y tecnologías en una nación", apareció en los años ochenta en los estudios de algunos economistas. Este enfoque cuestionó el concepto de innovación del modelo lineal, según el cual la investigación y el desarrollo (I+D) es una actividad formal y secuencial que se desarrolla únicamente en el laboratorio, e involucró una definición que considerara a la innovación como un proceso interactivo y acumulativo, alcanzado en otros espacios diferentes al laboratorio, como en el caso de las empresas en donde la innovación se expresa de diferentes maneras. Esta forma de análisis tomó fuerza en la década del noventa, y logró adquirir un reconocimiento importante en los ámbitos académico y político, en el caso de este último logró que diferentes organizaciones internacionales (OCDE, UNCTAD, el Banco Mundial y el FMI), adoptaran el concepto de innovación del SNI.