Metà del Seicento: Inghilterra e Francia combattono contro la potenza degli spagnoli e iniziano ad inviare navi corsare in scorribanda per l'Oceano per combattere quelle nemiche e danneggiare così il commercio delle loro colonie e nel1625 due navi, con a bordo i primi corsari, gettano l'ancora davanti all'isola di San Cristoforo e vi si stabiliscono. Ma una nave spagnola distrugge dopo cinque anni la loro base e i pochi che riescono a sopravvivere trovano un rifugio all'isola della Tortuga facendone la base di partenza per tutte le loro spedizioni. Gli abitanti di Santo Domingo però, vedendo che il loro commercio è in pericolo, dopo un attacco riescono a sconfiggerli e ad allontanarli. Un giorno però, i bucanieri e i filibustieri riescono a far ritorno all'isola. Arriva intanto alla Tortuga un nobile italiano circondato dal mistero, un certo Emilio signore di Ventimiglia, Valpenta e Roccabruna. Durante un assedio in Europa, durante la guerra fra Francia e Spagna, gli spagnoli tagliata la ritirata comprano un duca fiammingo, Van Guld, ordinandogli di tradire i superstiti italo-francesi rifugiatisi in una rocca. Riesce nel suo malvagio piano, ma uccide il fratello maggiore di Emilio, che, dopo essersi miracolosamente salvato dalla carneficina degli Spagnoli, per vendicarsi lo insegue nei Caraibi dove lui e i suoi due fratelli diventano il Corsaro Nero, Rosso e Verde(nero). Il romanzo ha inizio quando due filibustieri, Carmaux e Van Stiller, vengono ripescati dalla "Folgore", nave filibustiera appartenente a Emilio di Roccabruna, conte di Valpenta e di Ventimiglia, conosciuto come il Corsaro Nero. Una volta a bordo, i due raccontano al terribile comandante che suo fratello, Enrico di Ventimiglia conosciuto come il Corsaro Rosso era stato impiccato nella piazza di Maracaibo per ordine di Van Guld, governatore della città. Emilio decide così di recarsi a Maracaibo per sottrarre il cadavere del fratello e, reclutati Carmaux e Van Stiller, affida il comando della nave a Morgan, suo luogotenente. Dopo aver catturato una guardia spagnola e guadagnato l'aiuto di Moko, un africano eremita, i filibustieri giungono aMaracaibo. Dopo numerose avventure il Corsaro riesce a rapire la salma del fratello e a rimbarcarsi sulla Folgoredove, dopo aver celebrato il funerale del fratello, giura solennemente che sterminerà Van Guld e tutta la sua famiglia. Sulla strada del ritorno per la Tortuga, i filibustieri assaltano una nave spagnola che trasporta una bionda fanciulla che si fa chiamare Honorata Willerman, duchessa di Weltrendrem, di cui Emilio si innamora, ricambiato. Dopo essersi imbattuti in un terribile uragano la nave giunge finalmente alla Tortuga. Qui il racconto s'interrompe e l'autore introduce una parentesi storica, citando le imprese di grandi filibustieri realmente esistiti e spiegando cosa siano la filibusteria e la bucaneria. Ha poi inizio il racconto della spedizione per assalire Maracaibo. La caccia di Emilio lo porta, insieme a Carmaux, Wan Stiller, Moko e il soldato che avevano catturato poco tempo prima, promosso a guida del drappello, nella foresta vergine. Lì il gruppo incontrerà coguari e puzzole, vampiri, sabbie mobili e antropofagi. Giunti quasi alla meta, il soldato e Moko si fermano, mentre i tre filibustieri proseguono la caccia. Seguirà uno scontro contro le forze di Van Guld e l'assalto a Gibraltar. Finite queste avventure pericolose, il Corsaro scoprirà che Honorata è in realtà la figlia di Van Guld e, combattuto tra onore e amore, farà imbarcare la giovane su una scialuppa e l'abbandonerà in mare con enorme dolore. Il romanzo si conclude con Carmaux che dice al suo amico Wan Stiller: «Guarda lassù! Il Corsaro Nero piange».