L'élaboration de stratégies efficaces de protection des captages d'eau souterraine adaptées à un milieu rural nécessite une bonne compréhension des liens entre la qualité de l'eau captée et les activités agricoles menées à proximité de ces captages. Il est toutefois difficile d'évaluer l'impact de modifications de pratiques agricoles ou les résultats de la gestion du territoire sur l'aire d'alimentation d'un captage municipal. Afin d'apporter des éléments de réponse face à ce constat, une investigation a été réalisée sur l'aire d'alimentation d'un captage municipal d'eau potable en territoire agricole au Québec (Pont-Rouge), faisant appel à des mesures de terrain et des simulations numériques. L'étude a porté principalement sur les ions nitrates et les bactéries indicatrices de contamination fécale, principaux indicateurs de pollution de l'eau souterraine en zone agricole. Une série de 38 piézomètres ont été installés sur l'aire d'alimentation dans le but de mesurer des paramètres physico-chimiques et bactériologiques de la qualité de l'eau. Parallèlement à ce suivi de terrain, un modèle déterministe d'écoulement de l'eau souterraine et de transport des nitrates en aquifère granulaire à nappe libre a été élaboré dans le but d'évaluer l'applicabilité du modèle pour la prédiction des teneurs en nitrates au captage municipal. Le calage du modèle comprend une analyse de sensibilité des principaux paramètres et variables du modèle, une étape d'ajustement à des résultats de terrain pour une période déterminée, ainsi qu'une validation du modèle. Suite au calage du modèle, la simulation de divers scénarios a permis de prévoir les effets de changements des pratiques agricoles et de mieux comprendre les teneurs en nitrates mesurées par le passé au captage de la ville. Les résultats d'analyses physico-chimiques démontrent l'impact significatif des activités agricoles sur la qualité de l'eau souterraine, particulièrement les teneurs en nitrates. Les résultats d'analyses microbiologiques montrent pour leur part la forte variabilité des mesures de bactéries indicatrices de contamination fécale au sein de l'aquifère étudié. Enfin, les résultats de modélisation numérique et des scénarios suggèrent que le modèle est adapté pour la simulation des teneurs en nitrates au captage municipal, et qu'une meilleure gestion des pratiques agricoles peut améliorer significativement la qualité de l'eau au captage.